Peptide Dock

Peptide Dock은 타겟 단백질의 활성부위에서 펩타이드 리간드의 결합 자세(Binding pose)와 분자 상호작용을 예측하기 위한 펩타이드-단백질 도킹 시뮬레이션을 수행합니다.

선행 모듈

• PDB File Upload
• PDB Code Input
• Peptide Upload
• Peptide Sequence Upload
• PocketFinder
• Peptide Dock
• Peptide Design

입력 데이터

연결 모듈 선택

펩타이드 서열이 있는 경우 Peptide Sequence Upload 모듈을 사용합니다.

활성부위 지정

타겟 단백질의 활성부위를 지정합니다.
이전 단계에서 PocketFinder를 사용하여 활성부위를 찾으신 경우 자동으로 해당 좌표가 입력되어 있습니다.
❗PocketFinder는 소분자(small molecule) 결합 부위 탐색에 최적화된 모듈입니다. 따라서 펩타이드의 결합 부위를 항상 정확하게 예측하지 못할 수 있습니다. Peptide Dock을 실행하기 전에 예측된 활성 부위가 펩타이드 결합에 적합한지 확인하고 필요한 경우 활성 부위를 수동으로 지정한 후 분석을 진행하는 것을 권장합니다.

업로드 한 peptide 정보가 보입니다.

모듈 실행 화면

진행상황 메시지

결과 화면