ChemEdit

ChemEdit模块是用户直接对先导化合物化学结构进行修饰和优化的模块。
用这个模块修改之前结果的化合物的结构后， 再次通过AI-Dock Plus模块对接，可确认进一步改善的结果。
可接受的输入模块：AI-Dock, AI-Dock Plus, DeepCalici, DeepCalici Plus

模块操作流程

将ChemEdit模块连接到完成的AI-Dock Plus模块后面。 AI-Dock Plus模块可替换为AI-dock、DeepCalici、DeepCalici-Plus模块。
然后请选择Run按钮。

运行画面

选择想要修改结构的化合物或生成新的化合物。

工具介绍

① ⚠️ 全部删除
② 打开保存的结构文件
③ 保存为结构文件
④ 复制选中的结构
⑤ 粘贴剪贴板结构
⑥ 剪切选中的结构
⑦ 还原操作
⑧ 重新执行操作
⑨ 芳香族化
⑩ 芳香族清除
⑪ 结构优化
⑫ 更改放大倍数

① 移动屏幕
② 选择或移动选中部分
③ 删除结构
④ 绘制合并
⑤ 绘制链
⑥ 改变立体化学属性
⑦ 增加电荷量
⑧ 减少电荷量
⑨ 更改S组属性
⑩ R组标签
⑪ 添加"+"运算符
⑫ 绘制箭头
⑬ 反应映射工具
⑭ 绘制椭圆 / 长方形 / 直线

① 选择氢元素
② 选择碳元素
③ 选择氮元素
④ 选择氧元素
⑤ 选择硫元素
⑥ 选择磷元素
⑦ 选择氟元素
⑧ 选择氯元素
⑨ 选择溴元素
⑩ 选择碘元素
⑪ 从元素周期表选择
⑫ 选择任意原子
⑬ 其它扩展表

① 插入苯结构
② 插入环戊二烯结构
③ 插入环己烷结构
④ 插入环戊烷结构
⑤ 插入环丙烷结构
⑥ 插入环丁烷结构
⑦ 插入环庚烷结构
⑧ 插入环辛烷结构
⑨ 从预设中选择要插入的结构

修改化合物示例

① 选择元素
② 点击插入元素的位置
③ 选择绘制链工具
④ 拖动连接新插入的元素和现有结构
⑤ 优化结构

① 选择元素
② 点击修正目标位置的原子

① 选择要更改的链类型
② 点击修改目标位置的链

化合物修改后保存

点击Submit按钮后，模块自动纠正错误并生成三维结构。

结果画面

选择Result按钮确认结果。

模块处理后续使用

完成的ChemEdit模块可用等价于Ligand Library或Ligand Upload来使用。
⭐ 例如您可以将其作为AI-Dock模块的输入使用，当AI-Dock完成后，可继续作为DeepCalici Plus, ADME-Tox, InteractionViewer等模块的输入使用。