AI-Dock & AI-Dock Plus

AI-Dock

AI-Dock利用AI以结合能(kcal/mol)为基础预测蛋白质-配体相互作用，
是通过深度学习模型提高准确度的创新对接程序。
可接受的输入模块：PocketFinder

参数

确认结合位点

对接过程开始前，首先需要对结合位点进行检查。
您可以移动结合位点或缩放结合范围（对应立方体的中心点和长宽高）。

对接选项

您可以从Pharmaco-Net提供的配题库中选择配体，或者通过（Ligand Upload）上传您的配体文件，来与目标蛋白质完成对接。

① Number of Results：结合能结果显示个数。
默认情况下，基于结合能显示前 500 个结果（可调整以获得所有筛选结果）。
② Ligand Select or Ligand Upload：

• 若选择Random（随机），则要紧接着选择不同的配体库（FDA, Enamine, Mcule, Natural Origin等），并输入要筛选的配体数。
• 若选择Upload（上传），则要上传包含配体文件的ZIP压缩文件。

③ GPU Threading Count：用于对接的 GPU 线程数。
默认情况下使用单线程（增加线程数可更快地进行筛选进程）。

高级选项

（为了保证最佳的筛选条件，建议保留高级选项作为默认值）

① Number of Runs：自动对接运行次数。
② Population Size：群体内的个体数（每个个体是基因型及其相关表型的结合体）。
③ Heuristics：是否使用启发式算法。
在对接时使用启发式算法，为提高识别最佳结合结构的概率，更有效地探索结构空间。
④ RmStol：均方根偏差容差（单位：埃，Å）。
基于RMSD对相似的配体构象异构体进行聚类，以建立识别和分组最可能结合模式的标准。
⑤ Ligand Types：配体中的原子种类。
⑥ Keep Ligand：选择在模拟对接时想要保留的用户原始蛋白质文件中包含的配体类型

模块运行画面

进度信息

运行完成

AI-Dock Plus

AI-Dock Plus是AI-Dock的升级版。为了进一步提高预测精度，我们在此版本学习了更庞大的数据集。
可接受的输入模块：PocketFinder, Ligand Library, Ligand Upload

参数

配体模块

AI-Dock Plus用单独的模块进行配体选择。

• Ligand Library 从现有文库中选择配体。
• Ligand Upload 从用户计算机上传定制配体。

💡 AI-Dock Plus的其他参数与AI-Dock一致。 详细内容请参考AI-Dock参数项目。